فقد جاء اليوم الأحد 04/10/2009 في أمر ملكي سعودي عاجل وقعه الملك السعودي بنفسه يقضي بإعفاء الشثري من منصبه, وفي الحقيقة أنهُ أمر ملكي يقضي بطرد الشثري من منصبه ولكنهم يلطفونه بالقول أنهم قد أعفوه من منصبه.
حيث جاء في نص الأمر الملكي :
(( بسم الله الرحمن الرحيم
الرقم : أ / 162
التاريخ : 15 / 10 / 1430ه
بعون الله تعالى
نحن عبد الله بن عبد العزيز آل سعود
( ملك المملكة العربية السعودية )
بعد الإطلاع على المادة الثامنة والخمسين من النظام الأساسي للحكم الصادر بالأمر الملكي رقم أ / 90 وتاريخ 27 - 8 - 1412هــ.
وبعد الإطلاع على نظام الوزراء ونواب الوزراء وموظفي المرتبة الممتازة الصادر بالمرسوم الملكي رقم م / 10 وتاريخ 18 - 3 - 1391هــ.
وبعد الإطلاع على الأمر الملكي رقم أ / 137 بتاريخ 8 - 7 -1391هــ الصادر بإنشاء هيئة كبار العلماء وتنظيمها.
وبعد الإطلاع على الأمرين الملكيين رقم أ / 4 ورقم أ / 16 بتاريخ 19 - 2 - 1430ه.
أمرنا بما هو آت :
أولاً : يُعفى الشيخ الدكتور / سعد بن ناصر بن عبد العزيز الشثري عضو هيئة كبار العلماء والعضو المتفرغ في اللجنة الدائمة للبحوث والفتوى المتفرعة من الهيئة من عمله.
ثانيا : يبلغ أمرنا هذا للجهات المختصة لاعتماده وتنفيذه )).
الشيخ المُقال سعد بن ناصر الشثري.
وذلك عقب ظهوره في برنامج "الجواب الكافي" على قناة "المجد" وإجابته على سؤال وجه إليه من أحد المشاهدين من دولة قطر حول الاختلاط في جامعة الملك عبد الله للعلوم والتقنية.
ثم بدأت الحملة الصحفية الموجهة ضد الشثري في يوم الأحد الماضي بمقال هجومي من قبل رئيس تحرير صحيفة "الوطن" السعودية جمال خاشقجي, ثم تتابعت المقالات الهجومية ضده, فازدادت وتيرة الحملة ضده حتى وصلت إلى 18 مقال صحفي رسمي في اليوم الثاني, منها تسع مقالات فقط في جريدة "عكاظ", ومقالين لرئيسي تحرير جريدتي "الجزيرة" و"الرياض", وافتتاحيتين لـ"الرياض" و"الاقتصادية", واستمرت الحملة الشعواء ضده حتى يوم الجمعة الماضي بمقال لرئيس تحرير "اليوم" محمد الوعيل, ومن ثم مقال لمدير جامعة اليمامة الدكتور أحمد العيسى.
وبعد أن تم طرد الشيخ الشثري ذكروا أنه سيتفرغ تماماً لأعماله الأكاديمية كأستاذ بجامعة الإمام والعمل الدعوي.